Lấy mẫu nước thải y tế định kỳ cần tuân thủ QCVN 28:2010/BTNMT tại các vị trí đầu vào/đầu ra hệ thống xử lý, sử dụng dụng cụ sạch, bảo quản lạnh và dán nhãn ghi rõ thông tin (thời gian, người lấy). Tần suất thường theo quý hoặc năm tùy quy mô. Cần có người chứng kiến và lưu hình ảnh quá trình lấy mẫu. 
Quy trình lấy mẫu nước thải y tế
Chuẩn bị: Bình chứa mẫu (thủy tinh hoặc nhựa PE), thiết bị bảo quản (thùng lạnh), bảo hộ lao động.
Vị trí lấy: Lấy tại điểm xả thải cuối cùng trước khi đấu nối vào hệ thống thoát nước công cộng (cột B) hoặc trước khi xả ra nguồn tiếp nhận (cột A).
Kỹ thuật lấy mẫu:
Súc xả: Xả nước thải tự do ít nhất 5 phút để loại bỏ nước cũ trong ống dẫn.
Tráng bình: Tráng chai đựng mẫu 3 lần bằng nước thải cần lấy.
Độ sâu: Nếu độ sâu dòng thải 
Bảo quản: Một số chỉ tiêu cần cho hóa chất bảo quản ngay sau khi lấy (ví dụ: acid hóa cho kim loại nặng).
Ghi nhãn & Lưu trữ: Ghi rõ: địa điểm, thời gian, người lấy. Mẫu cần được vận chuyển ngay về phòng thí nghiệm trong thùng lạnh (nhiệt độ 
Các thông số cần phân tích (Theo QCVN 28:2010/BTNMT)
Lưu ý quan trọng
Nên thuê đơn vị có chức năng quan trắc môi trường (đủ điều kiện theo quy định) để đảm bảo tính pháp lý.
Cần chụp ảnh hoặc quay phim quá trình lấy mẫu để làm bằng chứng nếu cần.
Tần suất lấy mẫu định kỳ phải tuân thủ đúng báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) hoặc Kế hoạch bảo vệ môi trường đã được phê duyệt.